Гомология үлгілерін құрылымдық жағынан барлығы шешілмеген байланысты белоктар арасындағы нәзік айырмашылықтарды анықтау үшін де пайдалануға болады . Мысалы, әдіс Na+/K+ АТФазадағы катиондарды байланыстыру орындарын анықтау және әртүрлі АТФазалардың байланысу жақындығы туралы гипотезаларды ұсыну үшін пайдаланылды..
Гомология үлгілері не үшін пайдаланылады?
Гомологияны модельдеу - аминқышқылдарының тізбегінен ақуыздың 3D құрылымын анықтау үшін қолданылатынесептеу құрылымын болжау әдістерінің бірі. Ол есептеу құрылымын болжау әдістерінің ішіндегі ең дәлі болып саналады. Ол қарапайым және қолдануға оңай бірнеше қадамдардан тұрады.
Гомологиялық модельдеу дегеніміз не және ол не үшін қажет?
Гомологияны модельдеу шаблон мен мақсатты реттілік арасындағы ұқсастыққа негізделген мақсатты ақуыздың үш өлшемді құрылымын алады және бұл әдіс мембраналық ақуыздарды зерттеуге келгенде тиімді екенін дәлелдеді. GPCR сияқты кристалдану қиын, себебі ол …
Гомология үлгісін қалай жасайсыз?
Гомологияны модельдеуге қатысты бірнеше қадамдар бар
- мақсат ретін пайдаланып үлгіні таңдау. Осы мақсатта BLASTp іздеуін барлық қолжетімді ақуыз құрылымдарына (PDB) қарсы жасауға болады. …
- Үлгі мен мақсат тізбегін туралау. …
- Модельдің сапасы. …
- Нақтылауүлгісіне сәйкес.
Гомологияны жақсы үлгілеуге не мүмкіндік береді?
Егер эмпирикалық құрылымнан <=2 Å rmsd болатын «өте сәтті гомология үлгісін» анықтасақ, үлгіде табысқа жету мақсатымен >=60% реттілік сәйкестігі болуы керек тариф >70%. Тіпті жоғары реттілік сәйкестіктерінің өзінде (60%-95%), он гомологиялық үлгілердің бірінде rmsd >5 Å қарсыболады.
